A opção do Atlético em usar seu time sub-23 no Campeonato Paranaense causou um fenômeno raro, pelo menos na história recente do clube. De protagonista, o Rubro-Negro passou a ser coadjuvante, ocupando o 9.ª lugar na classificação. Nas 20 edições recentes do Estadual, por exemplo, mesmo quando não decidiu a competição, e entre as mais variadas fórmulas de disputa, o Rubro-Negro sempre esteve brigando por conquistas. Neste período, só quatro vezes não chegou nas últimas rodadas com chances de erguer o caneco.
Como na edição de 2003 do Campeonato Paranaense. Naquele ano, mesmo com Kléberson, Dagoberto e companhia, o Atlético terminou a 1.ª fase na quarta colocação do grupo B e nas quartas-de-final caiu num cruzamento contra o Londrina. O jogo, disputado em partida única, terminou 0 x 0, mas o Tubarão levou a melhor por ter a melhor campanha. Em 2006, a história se repetiu. Depois de fazer ótima campanha na 1.ª fase, e terminar na liderança do grupo A do Estadual, o Atlético acabou tropeçando na Adap de Campo Mourão, nas quartas-de-final, e eliminado da competição com duas derrotas por 2 x 1.
Antes dos fracassos na primeira década deste século, o Atlético só havia ido mal no Campeonato Paranaense de 1995, quando enroscou nos time do Interior e foi goleado pelo Coritiba por 5 x 1, na partida que marcou a revolução comandada pelo até então conselheiro atleticano Mário Celso Petraglia. Naquele ano, o Furacão chegou ao octogonal final aos trancos e barrancos. Porém, o time rubro-negro, no seu limite, não conseguiu chegar à decisão e viu a dupla Paratiba decidir a competição.
No ano seguinte, o Atlético repetiu o insucesso da temporada anterior e viu novamente Paraná Clube e Coritiba decidirem o campeonato. Em 1996, frise-se, o Rubro-Negro tinha em sua equipe nomes como Ricardo Pinto, Paulo Rink e Oséas. Bem diferente de agora, quando o clube simplesmente confinou seus melhores jogadores e deliberadamente decidiu tratar o Estadual como um “torneio início”.